ＪＲ北海道は、２９日の始発から午後３時３０分ごろまでの北海道新幹線の定期列車７往復を対象に、青函トンネル内（全長約５４キロ）を走行する際の最高時速を、通常の１６０キロから２６０キロに引き上げて運行した。これにより東京―新函館北斗間は、５分短縮の３時間５２分の運行が実現した。

　青函トンネル内で時速２６０キロ走行は今回が初めて。大型連休期間中は貨物列車の利用が少ないため、４月２９日と、５月４～７日の始発から午後３時３０分ごろまでの定期列車７往復、同４、５日に運行する東京発午前７時８分発新函館北斗午前１１時１１分着の下り臨時はやぶさ３号で実施する。

　これに伴い、木古内に停車する「はやて９３号」「はやぶさ１号」「はやぶさ１９号」の木古内発車時刻を繰り上げる。発車時間の繰り上げによる乗り遅れなどに対応するため、新青森発新函館北斗行き「はやて９１号」の新青森発車を５分繰り下げ、木古内の発着時刻は変更しない。

　このほか新函館北斗駅で新幹線と接続する列車など上下合わせて７本の在来線列車の時刻が繰り上げまたは繰り下げて運転する。